●EMに含まれる代表的、かつ重要な働きをする３種類の菌

光合成細菌
光合成細菌は紅色無硫黄、紅色硫黄、緑色硫黄細菌の三群沼土などに多く、EMの中心的微生物で有害物質を浄化し、抗酸化物質を生成します。
湛水状態にある有機物の多いところを好む嫌気性菌。水田土壌やレンコン栽培土壌には非常に多く、イネの根腐れを起こす硫化水素や悪臭のもとになるメルカプタンなど、作物に有害な物質をエサに、高等植物なみに光合成を行なう異色の細菌。環境を浄化する働きとともに、土の肥沃化に貢献する。乳酸菌などの好気性微生物と共生すると、相互に働きが活性化される。

乳酸菌
有機物を発酵する力が強く、有機物を生成し、病原菌の繁殖を抑制します。
糖をエサに乳酸などの有機酸を多くつくり出すのが特徴。条件的嫌気性菌で、嫌気的な条件で乳酸をつくるが、酸素があっても平気。

酵母菌
有機物を発酵する力が強く、菌体がビタミンやアミノ酸を多く含んでいます。
自然界では熟した果実（特にブドウ）の表面などに多く、糖をエサに様々なものを合成する力が強い。糸状菌（カビ）の仲間だが、カビ特有の長い菌糸はつくらず、カビの胞子が独立したような丸い形で、カビと細菌の中間的な性質をもつ。酸素があってもなくても生活でき、酸素のない状態では糖からアルコールをつくり、酸素があると糖を分解して各種のアミノ酸、有機酸を合成する。